傳統藥局的經營，當有複數店之後，甚至多店式的經營之後。在商品的分配上，就會開始出現相關運作的問題了。
多店式經營藥局常見的配貨問題
多店式經營的傳統藥局，通常會由總店作為總倉的功能，來去進行商品的調度。
在商品的訂貨量上，因為有些供應商最低訂購數量或是金額的限制，當遇到這樣的訂貨條件時，通常會將各店的商品需求量集中後，再由總店或總倉來訂貨，等貨到之後再由總店或是總倉來進行配送。
如果是由總店來做調撥配送，在商品的整理以及配送上，往往就是由總店的門市人員在進行相關的協助。而這樣的情況下，有時就會造成商品在配送以及調度上，因為不是專責處理，在人力上是不足的，所以沒有辦法即時的進行。
就算是有了總倉的配置，初期在各項工作上，也處於一個蘿蔔好幾個坑的狀態，必須得等到各項分工流程更順暢之後，再加上人力增補完整後，才可以逐步解決在商品配送的問題。
總倉的配置與功能不彰
另外，即便是有總倉的功能，但是在倉庫的空間配置上往往並不是很足夠，也沒有做好儲位的規劃，因此在運作上面就會造成許多的問題。
比如說，沒有規劃好商品的分類儲位，有些經常要進出的商品，距離出貨的動線反而比較遠，造成撿貨以及出貨上的時間浪費。另外，也有的是因為沒有整貨區，在撿完貨之後沒有足夠的空間來進行理貨以及整貨，使得配送的時間延宕。
有的是在分工以及分組的工作上不夠明確，但許多工作反而更加的混亂。
總倉無法精準備貨，造成貨量不足
許多的傳統藥局在經營上，沒有辦法估算好商品的迴轉以及安全庫存，而當發展到複數店以及多店的經營時，這樣的問題仍舊是沒有辦法解決。
因此，會發現總倉常常都在商品缺貨後才跟供應商下定單，如此就造成門市沒有貨可以賣，造成缺貨的損失。
這些問題都是傳統藥局在店倉運作上常見的問題。
傳統藥局的經營與轉型 